Основной целью стратегического планирования наукоемких отраслей на современном кризисном этапе развития российской экономики должна быть не только технико-экономическая оценка реализуемости перспективных проектов (в условиях избыточности производственных мощностей этот комплексный критерий перестает быть самодостаточным и главным), но и разработка отраслевых критериев и параметров экономической безопасности, сохранение созданного потенциала, прежде всего поиск дополнительных источников ресурсного (финансового) обеспечения инвестиционного процесса, а также способов конкурентной борьбы и завоевания прочных позиций на различных сегментах внутреннего и внешнего рынков наукоемкой продукции. Для наукоемких, высокотехнологичных производств оценка состояния экономической безопасности важна в первую очередь потому, что потенциал этих производств является главным стабилизирующим фактором посткризисного развития российской экономики, гарантом экономической независимости и безопасности страны. Несмотря на то, что вопросы оценки состояния экономической безопасности на уровне государства изучены достаточно хорошо, детальные рабочие методики оценки состояния экономической безопасности субъекта хозяйствования – предприятия, учитывающие отраслевую специфику производства, только начинают появляться. В настоящей работе намечены некоторые подходы к решению данной проблемы для наукоемких производств. Предлагаемые методический подход и инструментарий, предназначенные для анализа и диагностики состояния наукоемких производств, позволяют достаточно полно рассмотреть факторы, угрожающие экономической безопасности данного сектора российской экономики, осмысленно и целенаправленно выполнять необходимый мониторинг, системно анализировать динамично меняющуюся экономическую ситуацию, принимать научно обоснованные управленческие решения.