Совокупность финансовых механизмов должна стать детонатором инновационной интеграции стран с переходной экономикой. Переплетение целевых финансовых инструментов является основой финансовой интеграции инновационных систем стран с переходной экономикой. Финансовые инструменты по стимулированию инноваций концентрируются преимущественно вокруг особых налоговых режимов в отношении определенных видов деятельности или в целом способствуют созданию благоприятного инновационного климата в стране. Финансовые инструменты по стимулированию инноваций должны иметь двухвекторную ориентацию. Во-первых, необходимо обозначить перечень приоритетных отраслей в экономике, которые будут пользоваться режимом наибольшего благоприятствования для развития в них инновационных механизмов. В этих отраслях должен применяться единый принцип льготирования как для государственных, так и для частных компаний, занимающихся инновационной деятельностью. Во-вторых, финансовые инструменты должны быть ориентированы на улучшение инновационного климата в стране путем стимулирования компаний на повышение квалификации своих работников, краткосрочное и долгосрочное привлечение высококвалифицированных зарубежных специалистов на контрактной основе, сотрудничество с научно-исследовательскими институтами, центрами и университетами, создание исключительно инновационных фирм, при том преимущественно за счет частных инвесторов. Применение тех или иных финансовых стимулов должно основываться на оценке эффективности их использования. Оценка эффективности финансового инструмента может осуществляться по критериям, рассмотренным в статье. Оценка эффективности финансового инструмента строится на сопоставлении эффекта от воздействия финансового стимула на инновационные компании с административными издержками по его содержанию. Финансовая интеграция инновационных систем стран с переходной экономикой не должна ограничиваться исключительно дееспособной и эффективной системой финансовых стимулов, но также должны включать в себя финансовые механизмы вхождения в региональное, а затем и глобальное инновационное пространство. Финансовая поддержка национальных инновационных систем с привлечением иностранных инвесторов может стать тяжелым бременем для государственного бюджета. Финансовая интеграция инновационных систем должна быть комплексной, чтобы финансовые стимулы функционировали синхронно, обеспечивая как целевое воздействие на определенный вид деятельности, так и в целом поддерживая благоприятный инновационный климат. Вместе с этим общее вхождение национальной инновационной системы в региональную и/или глобальную должно осуществляться секторно и поэтапно. Лишь преодолев процесс становления, развития и интеграции одной инновационной отрасли или подсистемы можно переходить к иной.