Развитие наукоградов связано с достижением многоуровневой его полезности, поэтому функционирование муниципального образования в форме наукограда преследует три основные цели: (1) сохранение и развитие приоритетных направлений науки, техники и технологий; (2) развитие инновационной экономики; (3) создание достойных условий для жизни людей. В настоящее время наукограды являются базой инновационного механизма, соединяющего в единый поток генерирование научных идей, прикладные разработки и реализацию научных результатов в производство, и формируют научно-техническое ядро национального хозяйства. Поэтому сохранение интеллектуального и научно-технического потенциала является ключевым требованием при формировании стратегии развития наукограда. Стратегия инновационного развития сосредоточена на создании механизма рационального использования имеющихся ресурсов и активов, как правило, без осуществления крупномасштабных капиталовложений. Такой механизм должен предусматривать широкое внедрение инноваций, выявление и целенаправленное воздействие на точки роста и формирование примеров успеха в экономике муниципального образования. При этом особое значение имеет развитие и эффективное использование организационного потенциала наукограда, в том числе стиль и методы организации управления, выбор вариантов развития, планирование и программирование социально-экономических процессов. Цель стратегии инновационного развития наукограда – формирование инновационной модели экономики муниципального образования, основанной на рациональном использовании научно-технического (инновационного потенциала градообразующего научно-производственного комплекса (НПК) для достижения целей социально-экономического развития как самого наукограда, так и страны в целом. Эффективное использование научно-технического, производственного, и интеллектуального потенциалов наукограда – это задача не только самого наукограда, но и государства в целом, поэтому одним из определяющих условий реализации стратегии инновационного развития наукограда является создание системы взаимодействия органов государственной власти РФ, органов государственной власти субъектов РФ и органов местного самоуправления по вопросам комплексного развития территории на основе формирования экономики инновационного типа.