Важная роль в создании национальной инновационной системы формирования механизма перевода экономики на инновационный путь развития принадлежит субъектам Российской Федерации и муниципальным образованиям с высоким научно-техническим и производственным потенциалом (наукоградам и другим территориям инновационного развития). Поэтому не случайно в качестве полигона для отработки элементов национальной инновационной системы Президентом страны была определена Московская область. Речь, в данном случае, идет о создании регионального сегмента национальной инновационной системы. Каждый из регионов, где исторически сложились мощные научные комплексы, ощущает образовавшуюся в постперестроечный период пропасть, отделяющую научные центры от промышленных предприятий, заказчиков на их продукцию. Преодолеть этот разрыв можно, если форсированно создать функционально полную, адаптированную к рынку, инновационную инфраструктуру, объединяющую науку с производством. В Московской области на сегодняшний день фактически сложилась система государственной поддержки научных инновационных разработок, включающая паритетное софинансирование перспективных научных исследований совместно с Российским фондом фундаментальных исследований. Затрагиваются и другие проблемы создания региональной инновационной системы в Московской области. Поиски путей решения взаимосвязанного комплекса проблем и является главной задачей, которую приходится решать в рамках создания регионального сегмента национальной инновационной системы.