В настоящее время существует ряд проблем, связанных с оценкой стоимости объектов ИС. Разработанные методики в этой области недостаточно полно решают эти проблемы. Несмотря на то, что существующие методики достаточно широко учитывают всю совокупность факторов, влияющих на стоимостную оценку объектов ИС (например: технико-экономическая значимость объекта; надежность правовой охраны оцениваемого объекта; правовая значимость оцениваемого объекта), однако в текущий период отсутствуют четкие и единые рекомендации (руководства) по количественному определению этих факторов. Очевидно, что неадекватный учет хотя бы одного из факторов приводит к неопределенности конечного результата. Конечным результатом можно считать как рыночную цену объекта ИС, так и цену лицензии при передаче объекта ИС лицензиату. А значит, в случае заниженной рыночной цены на объект ИС предприятие-владелец может понести убытки при продаже; в случае завышенной цены предприятие-покупатель или лицензиат могут произвести необоснованные (излишние) расходы. Более того, неадекватность конечного результата может привести к убыткам не только участников лицензионного соглашения, но и государства, так как завышение цены объекта ИС приведет к занижению суммы налогов. Этот небольшой и далеко неполный перечень проблемы свидетельствует об их сложности и значимости, о необходимости дальнейших исследований с целью их решения.