Несмотря на проблемы госбюджетного финансирования, к настоящему времени начала формироваться взаимосвязанная структура научно-технического пространства. Она способствует сохранению и выживанию науки. Действует целый ряд совместных инициатив как между управленческими структурами, так и среди новых форм поддержки науки. Вырисовываются общие черты направления политики управления инновационной деятельности Правительства России, немаловажной из которых является финансирование науки и инновационной деятельности посредством создания фондов научных исследований и инноваций. Широкомасштабное применение этих фондов должно использоваться при управлении экономикой на региональном уровне. Ключевыми элементами реформирования системы управления инновационной деятельностью становится совершенствование механизма финансирования организаций НИОКР, которые включают в себя выделение средств из федерального бюджета, обеспечение разнообразия источников финансирования за счет активной поддержки целевых фондов и программ. Закономерно, что контроль со стороны этих фондов за ходом инновационной деятельности будет более эффективным, если фонды создаются на местном уровне. В любом случае, прежде чем выделить средства под ту или иную программу, руководство фонда должно оценить: насколько будут эффективны эти НИОКР и инновации. В этой связи представляется целесообразным использовать комплексную динамическую экспертную оценку привлекательности проектов и восприимчивости предприятий к инновациям. В то же время объективный учет внешних и внутренних факторов, действующих на систему управления инновациями, уменьшает вероятность неэффективной реализации проектов. Должно быть сбалансированное взаимодействие рыночных и государственных регуляторов, различных уровней управления. При этом, в условиях огромных масштабов нашей страны, центр тяжести регуляции должен смещаться в сторону территориальных органов управления. Таким образом, сегодня формирование фондов научных исследований и инноваций на местном уровне с использованием комплексной динамической сравнительной оценки эффективности при распределении средств является приоритетной задачей субъектов муниципального самоуправления. Кроме того, необходимо учитывать факторы спроса на инновации, которые в значительной степени формируются под влиянием особенностей рынка научной продукции, в связи с этим можно выделить рынки высоких технологий, рынки развивающихся стран и внутренний российский рынок. Из-за отсталости инвестиционного комплекса внутренний рынок научных полуфабрикатов, интеллектуальной собственности, изобретений и патентов развит очень слабо. Можно ожидать, что по мере повышения готовности разработок спрос на них при прочих равных условиях будет возрастать. При этом, принимая управленческие решения на региональном уровне, необходимо учитывать факторы спроса на инновации. Оптимизация размеров предприятий подчинена объективному экономическому закону концентрации производства, который в своей основе сводится к минимизации затрат общественного труда на производство и реализацию продукции. Следовательно, стабилизация и последующее развитие производства должно обеспечиваться интенсивными факторами, в первую очередь, за счет развития новых технологий или другими словами, на основе инновационной деятельности.