В настоящей работе излагаются теоретико-методологические основы формирования системы управления инновационным развитием в регионах разного типа. Методологический подход базируется на положениях теории инновационного развития. Обосновывается необходимость выбора инновационного типа развития в России. Переход от индустриальной модели развития к новой – инновационной модели порождает глубинные изменения во взглядах на факторы развития и объективную потребность в пересмотре парадигмы управления инновационными процессами нового качества и иного звучания. Это предполагает становление и развитие совершенно новой экономической инфраструктуры построения всего хозяйственного механизма, формирующегося, как правило, на основе принципиально новых объединений субъектов территориального хозяйственного механизма. Основной целью формирования таких объединений является получение наибольшего экономического и социального результата. Актуальный становится проблема формирования системы управления инновационными процессами в регионе.